L'Unione Europea consente agli Stati Membri di istituire più Organismi pagatori a condizione che sia unico il referente contabile nazionale.
Ad oggi risultano costituiti sei Organismi pagatori regionali (Artea, Agrea, Avepa, Arcea, Arpea e Regione Lombardia), due per le provincie autonome di Trento e Bolzano e tre OP nazionali: AGEA (per le regioni che non hanno istituito un organismo pagatore e per tutte le funzioni non attribuite agli Organismi pagatori) Ente Risi (settore risicultura) e Saisa ( restituzioni alle esportazioni) .
La struttura di ogni Organismo pagatore è configurata in base a quanto dispone il Reg. CE n. 885/2006 e si articola su tre unità organizzative funzionali:
Autorizzazione dei pagamenti: consiste, in sintesi, nel determinare l'importo da pagare ai richiedenti.
Esecuzione dei pagamenti: consiste, in sostanza, nell'impartire le istruzioni per il pagamento agli istituti "cassieri".
Contabilizzazione dei pagamenti: consiste nella registrazione dei pagamenti eseguiti nei "libri contabili" e nella predisposizione di sintesi periodiche di spesa ai fini della consuntivazione alla Commissione, tramite l'Organismo di Coordinamento. La gestione in via esclusiva con la CE dei rapporti finanziari è affidata all'Agea che svolge le funzioni di indirizzo e controllo sulla rendicontazione finanziaria di tutti gli Organismi pagatori operanti sul territorio nazionale.