Il consiglio di rappresentanza di AGEA é previsto all'art.8 del decreto del 14 giugno 2002 n. 152 pubblicato sulla gazzetta ufficiale della Repubblica Italiana n. 173 del 25 luglio 2002.
Il Consiglio é composto da dieci membri di cui quattro in rappresentanza delle organizzazioni professionali agricole, due in rappresentanza del movimento cooperativo, uno in rappresentanza delle industrie di trasformazione, uno per il commerciale, uno per le organizzazioni sindacali, ed uno per le organizzazioni tecniche.
Gli stessi vengono nominati con decreto dal Ministro per le Politiche Agricole e Forestali.
Il consiglio ha il compito di valutare la rispondenza dei risultati dell'attività dell'agenzia agli indirizzi impartiti e di proporre al consiglio di amministrazione i provvedimenti necessari per assicurarne l'efficenza e l'efficacia.
Tuttavia potrà esprimere pareri e formulare proposte al Consiglio di Amministrazione qualora lo riterrà opportuno.
Gli stessi membri del consiglio di rappresentnza eleggono tra loro un coordinatore.
Il Consiglio di Rappresentanza opera secondo le procedure che lo stesso ha adottato con proprio regolamento interno.