Il Consiglio di amministrazione svolge funzioni di indirizzo politico-amministrativo, di programmazione e di verifica dei risultati dell'attività dell'Agea, stabilendo, in via generale, le linee organizzative dell'Agenzia stessa.

Questo organo collegiale è composto dal presidente e da quattro membri, nominati con decreto del Ministro delle politiche agricole alimentari e forestali.