Il Consiglio di amministrazione svolge funzioni di indirizzo politico-amministrativo, di programmazione e di verifica dei risultati dell'attività dell'Agea, stabilendo, in via generale, le linee organizzative dell'Agenzia stessa.

Questo organo collegiale è composto dal presidente e da sette membri, nominati con decreto del Ministro delle politiche agricole alimentari e forestali, di cui due sono designati dalla Conferenza permanente per i rapporti tra lo Stato, le regioni e le province autonome di Trento e Bolzano.