Il presidente, nominato con le procedure di cui all'art. 3 della legge 23 agosto 1988, n. 400 e successive modificazioni, ha la rappresentanza legale dell'Agenzia ed esercitata i poteri previsti dallo statuto e quelli eventualmente delegatigli dal consiglio di amministrazione, fatto salvo quanto previsto dal comma 1 dell'articolo 16 del D.lgs. n. 165/2001.
Al presidente sono affidate funzioni propositive in ordine all'indirizzo politico-amministrativo, alla programmazione e alla verifica della rispondenza dei risultati dell'attività amministrativa e della gestione agli indirizzi impartiti.